Të gjitha strukturat të cilat funksionojnë në kuadër të FSSHK-së, janë organe dhe mandatarë të cilët janë krijuar dhe zgjedhur konform Statutit të FSSHK-së dhe akteve tjera përcjellëse të FSSHK-së. Në këtë drejtim, çdo institucion shëndetësorë përfaqësohet me të zgjedhurit nga të punësuarit pranë këtij institucioni, të cilët janë anëtarë të sindikatës që paguajnë anëtarësinë në mënyrë të rregullt. Për të konkretizuar përkufizimet strukturale në FSSHK, mëposhtëm gjeni një përshkrim figurativ të organeve sipas nivelit hierarkik në Federatë.